由於自然人憑證包含了「數位簽章」跟「公開金鑰」。公開金鑰是智慧型的 IC卡演算出來的一組金鑰對中的一半，另一半稱為「私密金鑰」，則永遠儲存在IC晶片當中。經由憑證使用人和憑證管理中心約定，日後用這憑證，身分就可以辨認，啟用了加解密的功能，不管在網路上傳什麼資料，資料都被加密，駭客攔截了資料也無法輕易的解開。憑證內記載的個人戶政資料，僅記錄姓名及身分證字號後四碼，所以使用憑證加簽完全不會有個人隱私洩漏的問題。